Функциональной структуре присущи две ахиллесовы пяты: чрезмерная функциональная близорукость и распыление стратегически важных хозяйственных процессов между традиционными функциональными подразделениями. Трудно добиться жесткой стратегической координации между функциональными бюрократами, которые «говорят на разных языках» и предпочитают делать свою работу без постороннего вмешательства. Функциональные специалисты склонны концентрировать внимание на делах своего подразделения и на приоритетах начальства, не оглядываясь на интересы фирмы, покупателя или отрасли. Работники функциональных подразделений обычно весьма привержены делу и защищают интересы своих департаментов. Каждому функциональному подразделению присуща склонность продвигать решения, способствующие росту его благосостояния и влияния в организации (несмотря на важность сотрудничества и интересы компании). Все это создает организационную среду, в которой функциональные подразделения действуют как дымовые трубы и формируется питательная среда для бюрократических, авторитарных методов принятия решений и узких взглядов на проблемы. Кроме того, в функциональных структурах ограничена способность творчески реагировать на серьезные изменения на рынках и в технологиях. Здесь быстро отвергают идеи и альтернативы, которые не вписываются в нынешнюю функциональную структуру. Классические функциональные структуры также усугубляют проблему фрагментации процессов в случаях, когда цепь формирования стоимости в фирме включает стратегически важные виды работ, которые по своей природе требуют межфункционального, а не строго функционального подхода. Фрагментация процессов не только затрудняет координацию между отделами, но и служит серьезным препятствием на пути приобретения межфункциональных ключевых навыков.
