Многие компании и менеджеры избегают матричной организации из-за ее главного недостатка. Такой структурой управлять сложно: люди не знают, кому они подчиняются, по каким вопросам. Кроме того, поскольку матрица предполагает коммуникацию и согласование, может возникнуть «операционный затор». Работники одной области вынуждены иметь дело с работниками другой области и пробиваться через внутренние бюрократические препоны. Способность действовать парализуется, так как при разделении полномочий трудно принимать решения, предварительно не согласовав их с другими людьми и не получив разрешения. Много времени и умственной энергии расходуется на заседания и обсуждения. Возможно появление существенных затрат и задержек в принятии решений без заметного улучшения результатов. Но и при этом в ряде случаев преимущества, связанные с разрешением конфликтов, обеспечением согласия и координации, перевешивают названные недостатки, о чем свидетельствует пример с ABB в иллюстративной вставке.